1.污染環(huán)境。據(jù)計算，大量使用的農(nóng)藥，大約只有0.1%作用于有害生物，其余99.9%或附著在農(nóng)作物上，或散布到土壤里，或飄散在大氣中，或通過降雨等從地表徑流進(jìn)入地表水和地下水，污染水體、土壤和整個生態(tài)系統(tǒng)。有些農(nóng)藥可通過食物鏈的富集作用而逐級濃縮達(dá)到很高濃度。我國20%的耕地受到污染，80%淡水水體的水質(zhì)超標(biāo)，50%的地下水被污染，40%飲用水的水源不合格，而大氣質(zhì)量完全符合世界衛(wèi)生組織標(biāo)準(zhǔn)的城市只有1%；在污染源中，70%為化學(xué)物質(zhì)；而在對人畜影響最大的12種有機(jī)污染物中，農(nóng)藥占8種，即農(nóng)藥占污染源的一半以上。

    2.誤傷非靶動物。在自然界中，人類視為有害的動物只占很少部分，多數(shù)無害，另有少數(shù)有益。目前所用的農(nóng)藥，多數(shù)特異性差，殺傷譜廣，以致在殺傷有害生物的同時或以后，殃及許多無害甚至有益生物，包括有害生物的天敵。生態(tài)系統(tǒng)中許多物種的種群密度在短時間內(nèi)反常下降，破壞了原有平衡。原有的有害生物天敵由于食物驟減而相應(yīng)減少，控制有害生物的作用下降，導(dǎo)致有害生物數(shù)量的反彈。

    3.有害生物抗藥性嚴(yán)重。自1908年首次發(fā)同農(nóng)業(yè)害早對石硫合劑產(chǎn)生抗藥性后，隨著農(nóng)藥品種和用量的增加，有害生物的抗藥性日益嚴(yán)重。據(jù)統(tǒng)計，全球已產(chǎn)生抗藥性的害蟲，1970年為224種，1976年為364種，1978年達(dá)414種，1980年為428種，至1989年已達(dá)504種；估計目前已超過600種。我國從1980年應(yīng)用防治家蠅，5年后，個別地方家蠅的抗藥強度已在萬倍以上。抗藥性的產(chǎn)生和加強，不僅影響防治效果，被迫提高使用濃度，增加了成本，對非靶動物的傷害和環(huán)境的污染也相應(yīng)加重。